Tras el alzamiento militar del 18 de julio el miedo se instaló en una ciudad que acabó siendo fiel a la República, pero que no pudo evitar que otra guerra, cotidiana, cercana, diaria, se declarara en sus calles por medio de la represión, el vandalismo y la muerte.

De esa batalla interna no se libró el patrimonio artístico de las iglesias ni los propios templos, que sufrieron la violencia de los descontrolados. En los primeros días del alzamiento, proliferaron los incendios y saqueos a las iglesias con la destrucción de retablos, paredes, imágenes, que fueron pacto del fuego. En La Catedral, además del destrozo de tallas y la desaparición de joyas y cuadros, la zona más afectada fue el trayecto entre la puerta principal y la capilla del Sagrario, lo que era el camino que seguían los carros de bueyes que venían del puerto y de la estación cargados de sacos de lentejas.

Cuando a los pocos días de terminar la guerra civil las autoridades se presentaron en la Catedral para comprobar en qué estado había quedado el monumento, se encontraron con que los muros exteriores y sus puertas estaban intactos, se habían salvado de la barbarie. El panorama era otro muy diferente en el interior del templo. La iglesia estaba ocupada por montones de sacos y de cajas de mercancías; el suelo presentaba un aspecto deprimente, con la mayor parte del pavimento levantado, y en las capillas no había quedado en pie ni una sola imagen. En medio de tanta destrucción destacaba el buen estado en el que se había conservado la parte del trascoro, que en el siglo XVIII había diseñado el artista Ventura Rodríguez. Seguramente, el hecho de haber sido utilizado desde los primeros días de la guerra como zona principal de almacenamiento lo salvó de la destrucción, ya que estuvo medio oculto detrás de montañas de sacos de grano.

Solo la estatua de San Juan Nepomuceno, que estaba situada en una hornacina en el flanco izquierdo del conjunto había sufrido una pequeña mutilación en un brazo. La imagen en mármol de la Inmaculada estaba intacta, así como los elementos decorativos del trascoro.

La huella del desastre estaba presente de manera rotunda en el resto de dependencias del templo. En el Sagrario habían desaparecido tres altares. En la capilla de la Virgen del Carmen habían desaparecido tanto el retablo como la imagen, obras que se atribuían a Salzillo. Los medallones de alabastro que decoraban el frente del altar, faltaban dos y otros cinco estaban en muy mal estado. El medallón de mayor tamaño, que representaba a la Virgen del Carmen con el Niño había sido mutilado.

En la capilla de la Virgen de la Esperanza habían arrancado la verja y habían destruido el retablo barroco. La cripta sepulcral de los obispos, que ocupaba el suelo de esta capilla, había sido respetada. En la capilla de San Ildefonso desaparecieron el altar, el retablo, una imagen de San Indalecio y otra de San Agustín. Solo se salvó un cuadro que representaba la entrega de la casulla a San Ildefonso.

En la capilla de San Indalecio había sido destruida la imagen de su titular, que se encontraba expuesta al público desde el año de 1784.También habían sido pacto de la destrucción dos altares con sus pinturas, una figura de madera que representaba la fe y la urna donde reposaba el cuerpo de San Valentín.

La que entonces estaba considerada como la capilla de mayor valor artístico de la Catedral, la del Cristo de la Escucha, los destrozos eran inmensos. Se había aniquilado la imagen del Cristo, su altar barroco y el altar del Salvador, en el que figuraban cinco tablas flamencas del siglo XV. Permanecía intacto en esta capilla el sepulcro en mármol del Diego Fernández de Villalán, fundador de la Catedral.

En la capilla de la Piedad, muy dañada también, había desaparecido la imagen de la Virgen. De los cuatro cuadros de Alonso Cano, que representaban la Anunciación, la Asunción, Santa Teresa y San Antonio de Padua, se habían salvado los tres primeros.

En la capilla Mayor se habían perdido la estatuillas de apóstoles y de santos que lo adornaban. El púlpito de la parte del Evangelio se encontraba sin sus principales elementos decorativos y con los bajorrelieves de los medallones de alabastro de las escaleras completamente machacados.

En la puerta de acceso al claustro se había destruido la imagen de la Purísima que coronaba la portada. En sillería del coro bajo los daños eran menores, mientras que el coro alto había sufrido la pérdida de los dos órganos de los que solo se habían salvado sus magníficas cajas doradas de estilo Barroco.