La conservación de la Alcazaba siempre ha sido caballo de batalla en Almería. El Ayuntamiento  nunca ha tenido fondos suficientes para obras de mantenimiento adecuadas y el monumento se ha deteriorado con el paso del tiempo.

En 1930, Leopoldo Torres realizó un estudio y proyecto de restauración; pero no se pudo llevar a cabo por la guerra civil. Tras la misma, Prieto Moreno fue encargado de dirigir las obras. Se ajardinó el primer recinto y la casa del Alcaide, además de consolidar el terreno, excavaciones, restauraciones y accesos.

Entre 1951 y 1954, se realizó una nueva excavación centrada en el conjunto palaciego y supuso la primera intervención arqueológica. El director de las obras fue Fernando Ochotorena. 

Hubo que esperar a 1986 para realizar nuevos trabajos de documentación de las ruinas y realizar el inventario de gran parte del material arqueológico. El responsable fue fue Lorenzo Cara.

En 1993 se dio otro impulso a las obras, bajo el proyecto de Ramón de Torres. Las excavaciones se centraron en la muralla septentrional, en el sistema de canalización del agua y en los accesos al primer recinto; las dirigió Domingo Ortiz. Las últimas obras fueron para conocer el deterioro de la piedra de las murallas.