Dijimos que el 9 de Octubre de 1790 uno de los varios teremotos que hubo en Almería afectó gravemente al monasterio y a parte de la muralla de la ciudad. Ésta se retanqueó hacia poniente con lo que el monasterio perdió parte de sus tierras. Además, secó la fuente, por lo que los frailes tuvieron que surtirse del agua de los Aljibes.

La iglesia fue destruida y los frailes tuvieron que pedir limosnas para reconstruirla; y el Ayuntamiento organizó una corrida de toros para tal fin. Pronto se finalizó el nuevo templo que se bendijo en Diciembre de 1800.

Sólo tenía una torre y la otra se añadió un siglo después gracias a una donación de Joaquín Vilches Pero no iba a durar mucho la paz en el monasterio que parecía gafado.

La invasión francesa hizo que los frailes franciscanos fuesen expulsados del monasterio, igual que sucedió en los otros, como ya vimos, y lo convirtieron en cuartel de milicias. Fue en 1810.

Reintegrados al monasterio tras la derrota de los franceses, en 1820 de nuevo tuvieron que marcharse por dictamen del Trienio Constitucional. Y la desamortización de 1835 le dio el definitivo golpe de gracia al suprimir la Orden y confiscar el monasterio.