Llegó al Almería en la Navidad de 2017 y empezó la siguiente campaña de rojiblanco. Su etapa no fue brillante porque aquellos proyectos de Alfonso García iban muy justos de dinero y costaba llegar a los 50 puntos, pero Borja Fernández como buen gallego, se supo aplicar en la tarea y cumplir las expectativas. Regresó al Real Valladolid que se puede considerar uno de los clubes de su vida, y lo seguimos ahora que se estrena con éxito en los banquillos. A sus 44 años después de una larga carrera como futbolista, entrena en el equipo de su ciudad y se ha convertido en un serio profeta en su tierra, ya que en una temporada y media ha logrado situar al equipo en la 2ª RFEF y están todos encantados con la marcha del equipo y la propuesta futbolística de un centrocampista de categoría, ahora entrenador.

La Unión Deportiva Ourense es un club joven que representa a la ciudad y se ha comprometido por una temporada más Borja Fernández. Club y entrenador están encantados con la relación, y a nivel de afición no se entiende un proyecto deportivo sin el gallego a los mandos. El estreno en la nueva categoría será con Borja a los mandos y se ha puesto a trabajar para que sigan los éxitos. Llegó en el último tramo de la temporada 2023-24 y sentaba las bases de lo que ahora es un equipo consolidado que ha sabido aprender de un Play Off fallido para acertar con un ascenso que ha disparado la ilusión de los aficionados. El club pivota sobre Borja Fernández por todo lo que aporta, dado su conocimiento en alta competición tras su paso por los grandes clubes de LaLiga.

Almería

Borja llegó a un Almería necesitado de seguridad defensiva y no tardó en debutar pese a que no llego en plenitud física. El objetivo de salvar la categoría se cumplía, no sin problemas, y se quedó una temporada más para vivir la misma experiencia, pese a que se intentó hacer un equipo superior para evitar tantas angustias. Borja, pasó por esta ciudad como un buen profesional y tuvo grandes partidos en el Mediterráneo, y fuera de casa era de los que siempre daban la cara. No era fácil salvar al equipo porque los 50 puntos se ponían caros en una categoría tan exigente. Pudo seguir más tiempo y una llamada del Real Valladolid lo cambiaba todo, regresando a un club donde siempre ha sido muy querido. Allí en el Pucela siguió proyectando su fútbol de experto en la medular.

Ourense

El nuevo destino de Borja Fernández es un club muy joven. La Unión Deportiva Ourense fue fundada en 2014 y la pasada temporada militaba en la Tercera Federación, categoría de la que ha salido gracias al trabajo de un entrenador de la tierra que conoce bien el fútbol de su ciudad. No baraja cifras importante la directiva a la hora de diseñar las plantillas y Borja suele participar, ya que en su corta etapa en los banquillos se ha ganado el reconocimiento de futbolistas y agentes para poder competir a sus órdenes. Ha salido campeón su equipo y ha devuelto la ilusión a una ciudad y a una afición acostumbradas a ver fútbol de LaLiga con otra denominación. Borja Fernández es profeta en su tierra.