La toma de Almería en 1489 por los Reyes Católicos además de acabar con siglos de dominio musulmán, también va a imponer su transformación en una ciudad castellana. En este sentido, la implantación de los conventos será, como en otras ciudades, lo que realmente va a influir en la evolución urbana de Almería. Su ubicación será un factor fundamental puesto que va a determinar la forma que en el futuro tendría la ciudad tras los sucesivos ensanches y construcciones que crecerían a su alrededor.

El Real Convento de San Francisco de la Observancia de Almería fue fundado pocos años después de la toma de Almería al reino nazarí de Granada en 1489, por los Reyes Católicos. Se instituyó por Real Cédula, dada desde el Real de Santa Fe en Granada el 22 de enero de 1492 y se corroboró por Real Cédula dada en Granada tres meses después.

El sitio asignado a los franciscanos fue en el arrabal de al-Musalla, en un lugar cercano a la puerta de Pechina y a los aljibes de agua de la ciudad. Años después en 1499 se les donó un caño de agua desde los aljibes, para el abastecimiento del convento. Como a los otros dos conventos mendicantes de fundación real -dominicos y trinitarios-, se les asignó una dotación de doce tahúllas de tierra donde instalarse y tener una huerta anexa para su supervivencia.

La construcción de la iglesia y convento de San Francisco comenzó a partir de la fecha de su fundación, reutilizando el solar de tres mezquitas nazaríes. La obra hubo de realizarse de forma escalonada, en orden a los ingresos económicos que esta humilde orden religiosa recibía, y procedían principalmente de las limosnas de los fieles, del apoyo de los obispos franciscanos: fray Diego Fernández de Villalán y D. Juan de Portocarrero, y de los derechos de sepultura y mandas piadosas que los almerienses otorgaban en sus testamentos.

Por tal razón, serán muy importantes para las órdenes mendicantes las aportaciones económicas que obtenían de la venta y donaciones de capillas particulares a familias notables de la ciudad. La posesión de una capilla funeraria sería el reflejo de su poder económico y les aportaría prestigio social, ya que les permitía asistir desde ellas a todos los cultos y enterrar allí a sus difuntos. Realmente era una relación contractual entre los patronos que de este modo se aseguraban la gloria eterna y el convento al que concedían un aporte económico conveniente.

Al tiempo que se levantaba la iglesia y el convento, se fue forjando en su entorno una religiosidad popular encauzada por la propia Orden, que será uno de los referentes espirituales en la ciudad a lo largo de los siglos. Con este fin, la orden franciscana irá marcando su propio santoral, y para ello dedicarán los sucesivos altares y capillas que se construirían, según avance la obra de la iglesia, a la advocación de santos y devociones franciscanas. Los hechos milagrosos también influirán en la piedad popular poderosamente, removiendo las conciencias de los fieles y activando la fe de la población. Uno de los más señalados fue el milagro de las lágrimas de la estampa de la Verónica, cuadro que Villalán llevó al altar mayor de la iglesia.

La obra de la iglesia de San Francisco fue complicada en sus orígenes, a causa de las grietas y derrumbes que surgían en la edificación, en parte debidos a los muchos terremotos que se sucedieron en Almería a fines del siglo XV y principios del XVI, finalmente tomó su aspecto definitivo a partir de 1522.

La iglesia franciscana definió desde el principio su carácter como templo de predicación. Así mismo los franciscanos determinaron el espacio devocional del templo, ordenándose espacialmente en dos ámbitos: la nave central, que discurriría jerárquicamente desde los pies hasta el altar mayor, estaba presidida por la imagen de la Inmaculada Concepción, patrona de la Orden, y las naves laterales dedicadas a devociones franciscanas.

El convento franciscano también albergó otras actividades, fundamentalmente de signo religioso, pero también de usos seculares. Así dieron cobijo a un buen número de hermandades y cofradías, como la Hermandad del Ecce Homo, la Hermandad de San Juan Evangelista y la Hermandad de Nuestro Padre Jesús Nazareno.

Después de la restauración del templo franciscano a principios del siglo XIX, solo permanecerían vigentes dos cofradías en el Convento de San Francisco el Real: la de Nuestro Padre Jesús Nazareno y la de San Juan Evangelista.

El terremoto que asoló Orán en octubre de 1790 y las sucesivas réplicas, también se sintieron en toda la cuenca occidental del Mediterráneo y concretamente en la ciudad de Almería, donde varios edificios se arruinaron, entre ellos la iglesia del Convento de San Francisco el Real. Ante la amenaza de derrumbe, el guardián fray Manuel Rabadán encargó informes al arquitecto Juan Antonio Munar, que en esos años estaba en Almería como director de las obras de fábrica del obispado, y al maestro de albañilería Pedro Salmerón. Estos peritajes pusieron de manifiesto la inestabilidad en que se hallaba el edificio levantado en el siglo XVI y con pocas reformas posteriores. Los daños eran consecuencia en gran parte de la falta de cimentación de la primitiva iglesia y de la inconsistencia de sus muros que eran en su mayor parte de tapiería de hormigón y tierra.

Otro problema a corregir según señala Munar en el perfil orográfico del edificio sería “la improporción de su longitud con respecto a su lactitud y no ser fácil el enmendar la disformidad, a no derribar la Sacristía y Capilla de San Antonio”. Cosa que no se hizo y se procedió a mantener todo lo aprovechable y construir sólo lo necesario para la ampliación y la solidez del edificio, que según Munar era “reducido, rediculo”.

Con motivo de la ampliación de la antigua fábrica, se reordenaron los emplazamientos de las capillas y únicamente se mantuvo, y aún se conserva, la antigua capilla de San Antonio y Sagrario.

La consagración del nuevo templo de San Francisco de Asís se efectuó los días 12 al 14 de diciembre de 1800 con triduo solemne de acción de gracias.

El siglo XIX va a resultar convulso y nefasto para los conventos y órdenes religiosas. Comenzó el siglo marcado por los terremotos que asolaron la ciudad entre los años 1803 y 1804, siguió con la invasión de las tropas napoleónicas en España y culminó con las desamortizaciones.

En los años siguientes el Convento de San Francisco fue dividido en viviendas particulares a mediados del siglo XIX. La iglesia de San Francisco se convirtió en la parroquia de San Pedro. Sus imágenes y enseres fueron repartidas a las iglesias parroquiales, donde se conservaron hasta julio de 1936 en que fueron destruidas durante la guerra civil, desapareciendo con ello el legado de varios siglos de la iglesia de San Francisco el Real de Almería.