El mediocentro almeriense ha estado ligado desde pequeño al fútbol de la provincia. Marcos dió sus primeros pasos en el fútbol de la mano del Pavía en prebenjamín. En el club almeriense estuvo varios años, hasta que con 12 años decidió salir fuera de Almería. El futbolista puso rumbo a Málaga para comenzar allí su etapa de infantil.

Tras dos temporadas en el club andaluz decidió cambiar de aires. No se fue mucho más lejos y fichó por el CD San Félix de la provincia de Málaga. Apenas estuvo un año en el club. Tras tres temporadas fuera de Almería, decidió volver a casa.

Marcos Peña llegaba al cadete de la UD Almería. En el club rojiblanco pasó los siguientes años escalando en las distintas categorías. Con el juvenil indálico realizó una temporada histórica en el filial del club. Siendo capitán del equipo llevó a la plantilla a la final de la Copa del Rey juvenil que no se pudo ganar ante el Real Madrid.

Debut con el Almería

Con 19 años llegó la oportunidad por la que tanto había estado luchando. El 17 de marzo de 2024 debutó con el primer equipo de la mano de Pepe Mel. Esa misma temporada disputó otros seis partidos más, dando un gran rendimiento.

Tras el descenso a segunda del equipo, Marcos Peña salió cedido. Regresó a la Costa del Sol, esta vez al Marbella. Allí ha jugado la última temporada en Primera Federación y ha conseguido la permanencia del equipo. En el equipo marbellí ha metido un gol y ha repartido una asistencia.

Marcos ya ha vuelto de su aventura en el club malagueño y estuvo presente en el primer entrenamiento del equipo esta semana, en busca de poder ganarse un puesto en el club de su vida.