Emanagua, empresa mixta que gestiona el Servicio Municipal de Aguas de Níjar,  realiza anualmente 5.400 determinaciones analíticas en el término municipal con el objetivo de garantizar la calidad del agua suministrada.
El Ayuntamiento de Níjar y Emanagua informan que el agua de la ciudad está sometida a un estricto control de calidad de acuerdo a la normativa sanitaria vigente que establece los criterios sanitarios de la calidad del agua de consumo humano. Además, se sigue un protocolo de autocontrol y gestión del abastecimiento  por el que cada año Emanagua es sometida a una inspección del Programa de Vigilancia y Control a Gestores de Agua de Consumo Humano.
Controles
Según la normativa sanitaria, para Níjar se precisa realizar 92 análisis de control (cada uno de los cuales incluye 11 determinaciones) y 18 análisis completos (con 85 parámetros cada uno); Emanagua no solo cumple estas exigencias, sino que las supera realizando 15 análisis de control y 1 análisis completo por encima de lo estipulado, además de 3 análisis diarios de control de cloración y 106 análisis del agua del grifo del consumidor (de 15 parámetros cada uno), e incluso se cuenta con medidores de cloro en continuo “online” que alertarían de cualquier incidencia automáticamente. Esto, sin duda, garantiza el exhaustivo control de calidad al que se somete el agua que llega a los hogares nijareños.
Todos estos análisis realizados han dado resultados favorables, considerándose el agua en todos los casos como potable y apta para su consumo. Esta calificación se extiende también a aquellos núcleos donde, hasta la llegada del agua desalada en 2010, se abastecían de cubas, como en San José, Pozo de los Frailes, Boca de los Frailes, Escullos, Los Albaricoques e Isleta del Moro.
Ahora, gracias a la disponibilidad de agua desalada, no es preciso que ningún ciudadano de Níjar consuma agua mineral o instale sistemas de filtración en su domicilio, puesto que la que sale del grifo es de gran calidad.  
Además, con objeto de realizar un mayor seguimiento de la calidad del agua desalada, Emanagua efectúa cada 15 días un especial seguimiento al boro y aluminio, minerales de común presencia en el agua de mar.