El claustro de la catedral de Almería fue la última gran obra de  fábrica que completó el edificio iniciado como fortaleza en el siglo XVI, gracias al impulso del activo fray Diego Fernández de Villalán, como se ha indicado.
Ya en el siglo XVII, el obispo Mandiaa y Parga impulsó la obra de un desproporcionado claustro gótico, que hubo de abandonar poco después de su inicio. Las arcadas del mismo que habían sido labradas fueron desmanteladas por Juan Antonio Munar para ejecutar el claustro neoclásico que desde finales del siglo XVIII ocupa dicho espacio.
Personaje fundamental para este trabajo fue el arquitecto Juan Antonio Munar, discípulo de Ventura Rodríguez, que su maestro había situado en Almería para dirigir las obras del mismo en esta tierra, permaneciendo en ella hasta el final de sus días. Desarrolló una importantísima actividad profesional de la que quedan muestran en numerosos lugares de la provincia. Sin embargo, la envidia causada por sus trabajos fue la causa de que sufriera persecución y cárcel, con acusaciones de falsas ruinas, que nunca existieron.
El claustro de la catedral de Almería Impulsado por el obispo fray Anselmo Rodríguez, el claustro de la catedral de Almería fue proyectado en 1785 por el citado Munar, concibiéndolo como una sucesión de nueve arcos en los lados mayores y seis en los menores, situados entre pilares con columnas jónicas adosadas, cubiertas con bóvedas vaídas, que se completarían con el traslado de las sepulturas existentes en el interior del templo al espacio habilitado para dicho fin.
Los planos de Munar, que tuve el honor de publicar hace años fueron aprobados por la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando, siendo encargada su ejecución al citado Munar, con la intervención del visitador Hermida, de acuerdo con el prelado.
Sin embargo el ascenso de Hermida, que le alejaría de Almería, dejaría al arquitecto sin su incondicional protección; ocasión que aprovecharon los enemigos que había creado en Almería la rectitud profesional de Munar para montarle una demanda basada en informes de ruina de sus trabajos, que eran rotundamente falsos.

La persecución de Juan Antonio Munar Munar fue separado de la dirección de la obra del claustro a partir de 1788 y pocos meses más tarde encarcelado, permaneciendo en prisión más de once meses. Finalmente en 1794 obtuvo sentencia absolutoria de las inexistentes ruinas de las que fue acusado, pero ya no volvería a la dirección del claustro de la catedral almeriense, cuyas obras se extendieron entre 1786 y 1797, su coste ascendería a 547.472 reales de vellón 11 maravedís; cantidad muy superior a los 386.000 reales de vellón que había presupuestado en 1785 Juan Antonio Munar. El resultado está conceptuado como uno de los mejores claustros neoclásicos de España.