John Aloisi es el entrenador del Brisbane Roar, nuevo club de Miguel Ángel Corona. En 2001 llegó a la Liga Española para jugar en el Osasuna durante cuatro temporadas. Su debut como jugador del equipo rojillo tuvo lugar el 26 de agosto de 2001, en un partido que finalizó con derrota por 0-3 ante el Celta de Vigo. En su última temporada jugó 26 partidos, 15 de ellos como titular, y marcó seis goles.

El 11 de junio de 2005 Aloisi escribió su nombre en la historia de Osasuna al marcar el gol rojillo en la final de la Copa del Rey que enfrentó a su equipo con el Real Betis. El australiano aprovechó a la perfección un buen centro de Delporte para cabecear y batir a Toni Doblas, aunque finalmente Osasuna no pudo proclamarse campeón (cayó derrotado por 2-1 en la prórroga). Gracias a esta actuación, así como a su lucha, garra y entrega, Aloisi sigue siendo uno de los grandes ídolos de la afición rojilla.

A pesar de todo, Osasuna no le ofreció la renovación, ya que coqueteó con el Panathinaikos Griego y en el verano de 2005 Aloisi fichó por el Deportivo Alavés. Al fin de la temporada 2006/07, su contrato venció y fichó por los Central Coast Mariners de Australia.

Actualmente es el entrenador del conjunto australiano Brisbane Roar.