El club de fútbol creado bajo el patrocinio de la Universidad Católica de Murcia nació en el año 1999 y lo hizo con el nombre de Universidad Católica San Antonio de Murcia. Como tal compitió en la Regional y la Tercera murciana hasta el curso 2004-05.
Es en el verano de 2011 cuando nace el actual club con el nombre de Universidad Católica de Murcia CF al alcanzar un acuerdo de patrocinio y colaboración con uno de los mejores conjuntos de la tercera murciana el Costa Cálida CF de Sangonera que venía de jugar la fase de ascenso a Segunda B, aunque sin éxito.
Comienza su andadura en el grupo XIII de Tercera finalizando la temporada en la sexta plaza.
En la temporada 2012/2013 jugó en Segunda División B ocupando la vacante que dejó el Orihuela CF tras su descenso administrativo. Descendió a Tercera para volver a Segunda B en la siguiente tras eliminar al filial del Betis.
Se convierte en un equipo puntero de la categoría de bronce disputando las dos temporadas siguientes play-off de ascenso a Segunda, lo que logró la pasada campaña.

Solamente en dos ocasiones han medido sus fuerzas el UCAM Murcia CF y el Almería.
La primera de ellas fue en pretemporada. En aquella ocasión el triunfo fue para los almerienses que se impusieron por 0-1 gracias a un solitario gol de Pozo. Pese a la derrota las sensaciones que dejó el conjunto murciano fueron mejores que las del Almería. Los de Salmerón fueron superiores en todo, velocidad, posicionamiento, intensidad y calidad.

No hubo que esperar demasiado para que la superioridad antes referida de los murcianos se reflejara en el marcador ya que el miércoles 21 de septiembre los rojiblancos eran goleados en La Condomina por 4-0 en la que fue la primera victoria de los azulones en casa. Marcaron Tito, Góngora, Natalio y Delgado.

En la jornada precedente el UCAM caía en casa 1-3 frente al Valladolid.
Cuando con 0-2 en el marcador el cuadro local se quedaba en inferioridad por expulsión del central Albizua, Francisco dio el partido por perdido y sacó del campo a Collantes, hasta el momento el mejor jugador del partido y el buque insignia del ataque universitario, pensando en el duelo del Estadio Mediterráneo el domingo (16:00).