De los fatídicos sucesos que se desarrollaron tras el golpe militar del 18 de julio de 1936 no se libró ningún edificio religioso en la ciudad ni se respetaron las imágenes, tampoco la de la Patrona, que se salvó de la destrucción gracias a una familia de devotos que la retiró de su camarín antes de que la iglesias fuera pasto de las llamas y la custodió en su domicilio particular.

La iglesia de Santo Domingo quedó prácticamente destruida por el fuego , convertida en una ruina. Entre todo lo que desapareció entre las llamas destacaba un hermoso retablo barroco y el Altar Mayor construido con mármol de Macael. También fue incendiado uno de los ángulos del claustro del convento, afectando al edificio que se utilizaba como Instituto Nacional de Segunda Enseñanza.

El convento de Las Puras sufrió también daños importantes en su patrimonio. La puerta trasera que existe junto al cementerio, sirvió de entrada al cuartelillo de Ingenieros Zapadores que se ubicó en una de las habitaciones que daban al patio. La portada renacentista de la iglesia solo sufrió pequeños desperfectos, pero fue destruida la imagen de la Inmaculada que se exhibía dentro de una hornacina coronando la puerta. También se salvaron una talla de la Purísima, un San José con el Niño y la torre mudéjar.

En el convento de Las Claras quedó instalado el almacén del cemento que traían de la fábrica de Málaga. Durante el tiempo de construcción de los refugios, los carros iban a cargar el cemento en la misma puerta del templo. La iglesia no se libró de las llamas, que se llevaron por delante una parte del claustro mayor, de estilo renacentista. Dentro del templo se perdió un Cristo de tamaño natural que se atribuía a las manos de Pablo de Rojas, un talla del Nazareno del siglo XVIII y una Virgen del Carmen.

En la iglesia de San Juan, de gran valor histórico y artístico al ocupar el lugar de la antigua Mezquita mayor de Almería, los escombros ocupaban todos sus rincones. Solo se pudo salvar una parte del artesonado mudéjar y el valioso mihrab, único ejemplar en la ciudad de la arquitectura religiosa musulmana.

Uno de los templos más castigados por los saqueos fue la iglesia de Santiago. Los desperfectos en mobiliario y sobre todo en la obra del edificio fueron tan importantes que no quedó una sola columna intacta. Algunas de las imágenes fueron sacadas a la calle para ser quemadas, permaneciendo durante días en las aceras como maniquíes mutilados. La puerta principal, la que daba a la calle de las Tiendas, fue pacto de las llamas, lo mismo que la puerta de acceso por la calle de Hernán Cortés.

Santiago perdió en el incendio su soberbio artesonado mudéjar y la venerada imagen de la Virgen Dolorosa, que cada Viernes Santo recorría las calles de Almería arropada por cientos de fieles. También desaparecieron dos retablos, el de la Aurora y el de la Merced y una bella tabla donde se representaba a la Virgen del Perpetuo Socorro.

La iglesia de San Sebastián quedó profundamente dañada. Se perdió un Cristo gótico, una talla de San Francisco del siglo XVIII atribuido a la escuela de Mora. También quedó destruida la imagen de la Virgen del Carmen que tenía un incalculable valor sentimental entre los vecinos del barrio de las Huertas que cada año la sacaban en procesión para darle las gracias por las buenas cosechas y pedirle salud. También fueron destruidas una talla de San Sebastián y una Virgen del Triunfo, pequeña estatua hecha en mármol atribuida a Alonso Cano. Solo se salvó el pedestal de la imagen. De los archivos y libros parroquiales no quedaron ni las tapas, aunque el fuego no se cebó con la fachada principal, donde se salvó el altorrelieve de San Sebastián, de la escuela de Alonso Cano. También se conservaron sin grandes desperfectos las torres del templo.

La fiebre destructiva que se cebó con los monumentos religiosos en aquellos primeros días tras el Alzamiento no respetó ni a los templos de los barrios ni a los de los suburbios. Las pequeñas parroquias de San Antonio, San José y San Roque fueron aniquiladas, así como sus archivos. En la iglesia de San Agustín del convento de los Franciscanos las paredes quedaron desnudas. El templo fue reconvertido durante la guerra en ateneo literario con una enorme piscina en el centro.

La iglesia de la Compañía de María fue saqueada y convertida primero en cuartel y después en una improvisada prisión militar. Fueron saqueadas también y destrozadas la ermita de San Antón y las capillas de las Siervas de María, del Manicomio y la de las Hermanitas de los Pobres. La capilla de San Antonio del barrio de Los Molinos fue convertida en mercado. La capilla de la Virgen de Monserrat, entre la vega y las vías del tren, fue incendiada y destruida y nunca más volvió a abrir sus puertas. Además fue destrozada la ermita que coronaba el Cerro de San Cristóbal y el popular monumento de la Cruz de Caravaca, en la calle de Granada.